Towarzystwo Chrystusowe jest zgromadzeniem zakonnym założonym w 1932 roku przez kard. Augusta Hlonda, prymasa Polski, a celem jego jest służenie Polakom rozrzuconym po całym świecie. Na organizatora Zgromadzenia wybrał Prymas ks. Ignacego Posadzego. W 1939 roku zgromadzenie liczyło już ok. 300 członków.
Po wybuchu wojny zgromadzenie utraciło wszystkie domy zakonne oraz cały majątek. Członkowie ulegli rozproszeniu. Mimo tak trudnego czasu, 43 kleryków ukończyło studia i przyjęło święcenia kapłańskie.
Powracający z rozproszenia wojennego Chrystusowcy, zanim otworzą się dla nich możliwości wyjazdu na misje zagraniczne, jako pierwsi włączają się w prace duszpasterską na Pomorzu Zachodnim.
Historia zgromadzenia Księży Chrystusowców na ziemiach odzyskanych pisze się bardzo szybko.
Piotr Zaremba, który 29 kwietnia 1945 roku oficjalnie zostaje prezydentem miasta Szczecina, wysyła kapitana Wiktora Jaśkiewicza do bpa Walentego Dymka, zarządzającego archidiecezją poznańską pod nieobecność kard. Augusta Hlonda. „Władza i ludzie domagają się przyjazdu księdza” - przekazał biskupowi słowa prezydenta Zaremby. Biskup wezwał do siebie księdza Floriana Berlika, 36-letniego wtedy kapłana, przełożonego domu zakonnego Księży Chrystusowców w Poznaniu. „Nie wiadomo, czy ten Szczecin będzie polski, czy nie. Dlatego wy tam powinniście pojechać” - usłyszał ks. Florian Berlik od biskupa Walentego Dymka. Był 30 kwietnia 1945 r. Trzy dni później ks. Florian wsiadł na jedną z pierwszych ciężarówek jadących do Szczecina. Miał być wodzem duchowym ludu wierzącego, który umie pracować i zdolny jest do poświęceń choćby największych, ale tylko z Bogiem.
Do Szczecina wraz z grupą pierwszych pionierów dociera 4 maja 1945 roku. Miasto, które zastał straszyło swoim widokiem. Stare miasto i kościół Jakuba, aż po Odrę, były zniszczone, kościoły leżały w gruzach lub były zdewastowane. Duszpasterstwo było trudne do zorganizowania. Dużą trudność stanowił fakt, iż cała ziemia szczecińska do 1945 roku w przeważającej części była protestancka.
Jeden z pierwszych problemów, to znalezienie miejsca, gdzie można by odprawiać msze świętą.
Przy zniszczonym kościele katolickim św. Jana Chrzciciela, gdzie znajdowała się plebania, którą zajmowali radzieccy żołnierze, odkryto kaplicę. Znaleziono w niej wyposażenie liturgiczne. O udostępnienie tej kaplicy ks. Florian Berlik zwrócił się do prezydenta Zaremby. Ten zaś przekazał sprawę radzieckiemu komendantowi Aleksandrowi Fiedotowowi.
6 maja w samo południe rozpoczęła się Msza święta, w której uczestniczył cały zarząd miasta z prezydentem Zarembą na czele, a także kilkuset pionierów.
Nabożeństwo ks. Florian Berlik odprawił w intencji Ojczyzny, Szczecina i polskiego zarządu. Na zakończenie oddał Szczecin w opiekę Matki Boskiej - Królowej Korony Polskiej. Ksiądz Florian Berlik został członkiem zarządu miasta i odpowiadał za wszystko, co wiąże się z życiem duchowym, a więc organizowanie tego życia i przejmowanie szczecińskich kościołów. Święcił budynki publiczne, m.in. pocztę, a także miejsca do pochówku.
16 maja 1945 roku udają się do Szczecina następni Chrystusowcy: Tadeusz Długopolski i Edmund Gagajek, oraz brat zakonny Michał Wycisk. Do miasta jednak nie dotarli, ponieważ w Szczecinie trwała ewakuacja. Dwaj księża i brat pojechali do Stargardu Szczecińskiego. Ewakuacja Polaków ze Szczecina, a było ich wtedy już ok. 4,5 tys., trwała od 16 do 18 maja. Zarządził ją Rząd Tymczasowy na polecenie aliantów. Ksiądz Berlik odprawił pożegnalne nabożeństwo 17 maja, oddając miasto pod opiekę Matki Bożej, a następnego dnia wyjechał wraz z urzędnikami poczty do Stargardu. Tak zakończyła się pionierska misja pierwszego polskiego księdza w Szczecinie, który po krótkim pobycie w Stargardzie wrócił do Poznania.
Następcą księdza Berlika został ksiądz Kazimierz Świetliński, który przybył do Szczecina 12 czerwca. Zamieszkał w gmachu zarządu miasta i odziedziczył po ks. Berliku nadzór nad wydziałem duszpasterskim. 10 lipca ks. Świetliński przywiózł z Berlina jurysdykcję od biskupa berlińskiego, na mocy której mógł w Szczecinie udzielać sakramentów i subdelegować władzę duchową na terenie diecezji berlińskiej.
W tym samym czasie podjął starania o przydzielenie katolikom wielkiego kościoła garnizonowego, znajdującego się w centrum Szczecina przy ul. Zwycięstwa. Starania te zostały uwieńczone powodzeniem i w piątek, 29 czerwca 1945 roku, ks. Świetliński poświęcił tę świątynię pod wezwaniem Najświętszego Serca Pana Jezusa.
5 lipca 1945 roku, decyzją władz okupacyjnych, administracja Szczecina przeszła w ręce Polski. Nabożeństwo dziękczynne za powrót Szczecina do Polski, ks. Kazimierz Świetliński odprawił 8 lipca 1945 roku w kościele Najświętszego Serca Pana Jezusa.
Warto podkreślić, że niektóre ulice, takie jak: św. Wojciecha, Bogurodzicy, Potulicka, Królowej Korony Polskiej, otrzymały swe nazwy od ks. Świetlińskiego.
W sierpniu 1945 r. kardynał August Hlond, prymas Polski ustanowił polskich administratorów apostolskich na przypadłych Polsce po II wojnie światowej ziemiach zachodnich. Zrobił to na mocy udzielonego mu specjalnego pełnomocnictwa Stolicy Apostolskiej.
Pragnieniem Kardynała Augusta Hlonda stało się, aby przynajmniej w tych pierwszych powojennych latach Towarzystwo Chrystusowe skoncentrowało się na pracy duszpasterskiej na Pomorzu Zachodnim. W dniach 20-25 VIII 1945 r. odbyły się w Poznaniu rekolekcje mające przygotować Chrystusowców do nowego zadania. Na koniec rekolekcji przybył Kard. August Hlond, który w swoim słowie przekazał między innymi:
Pójdziecie w warunki ciężkie. Ciężkie dla tego ludu, który osiedla się na zachodzie, aby sobie budować nową zagrodę. Ten lud jest niespokojny, podrażniony, bo stwarza sobie byt wśród wielkich trudności. Żyje wśród obcych… On na tego księdza patrzy jako na doradcę, jako na opiekuna, jako na ojca. Koło tego kapłana się skupia. Tym kapłanem stoi... Idźcie do niego pełnym kapłańskim, zakonnym sercem, sercem ojca godnego zaufania! Bądźcie dobrzy dla nich! Miejcie serce!
Na ziemię szczecińską zaczęli napływać wraz z przesiedleńcami nowi księża diecezjalni i zakonni.
Pracę na Pomorzu zachodnim jeszcze w 1945 roku rozpoczęli także kolejni Chrystusowcy, którymi byli: Witold Stańczak, Henryk Kulikowski, Józef Kinder, Wiktor Szczęsny, Bogdan Szczepanowski, Kazimierz Rudawski, Stanisław Koszarek, Feliks Kwilas, Władysław Iwanowicz, Stefan Strzałkowski, Franciszek Włodarczyk, Hubert Mrzygłód, Tadeusz Miękus, Stanisław Fietko, Tadeusz Długopolski.
Budowę kościoła rozpoczęto w 1913 roku, na terenie byłego cmentarza wojskowego, na wyraźne polecenie ówczesnego komendanta garnizonu generała von Heeringena, późniejszego ministra wojny. Wstrzymaną podczas I wojny światowej budowę dokończono w 1919 roku. Świątynia ta jest jedną z pierwszych w Szczecinie budowli sakralnych, zaprojektowanych w formie modernistycznej i całkowicie w konstrukcji betonowej. Kościół wybudowano według projektu B. Stahla. Jest trójnawowy, na planie z półkolistym prezbiterium. Pomysłodawcą i sponsorem budowli był Gustaw Toepfer - wynalazca cementu portlandzkiego. Aby przekonać sobie współczesnych do nowego materiału, wybudował z niego właśnie ten kościół. Kościół był pierwszą w Szczecinie, i jedną z pierwszych na terenie Niemiec budowlą, zaprojektowaną i zrealizowaną w nowoczesnej konstrukcji i materiale. Realizacje podobnych wzniesionych z betonu kościołów w Ulm i Ickern (Westfalia) powstały dopiero po 1922 roku. Sama budowla jest masywna, ciężka, z dachami przypominającymi żołnierskie hełmy i dekoracją szczytu północnego w postaci tarcz. Wnętrze świątyni składa się z nawy głównej przykrytej stropem kasetonowym, oraz szeregu wąskich naw bocznych, poprzedzonych półkolistymi arkadami, wspartymi na filarach i słupach. Przykryto je sklepieniami kolebkowymi. Część prezbiterialną w kształcie prostokątnej apsydy umieszczono po stronie północnej, w przybudówce z dwoma aneksami; przy ścianie południowej usytuowano emporę organową.
Z historycznego wyposażenia w kościele pozostało niewiele elementów. Należą do nich; neogotycki ołtarz główny „Ostatnia Wieczerza”, przeniesiony tu z kościoła św. Jana Chrzciciela, komplet ławek drewnianych z okresu budowy kościoła, płaskorzeźba św. Jerzego walczącego ze smokiem, umieszczona nad głównym wejściem, pochodząca jeszcze z okresu niemieckiego oraz chrzcielnica betonowa o formach historyzujących, ustawiona przy wejściu na chór we wschodniej części kościoła.
W pierwszych latach powojennych, za kadencji ks. Witolda Stańczaka, przebudowano wnętrze zakrystii i przyległych do niej pomieszczeń.
Od 1974 roku rozpoczęły się gruntowne zmiany wystroju wnętrza według wskazań ówczesnego ordynariusza diecezji, ks. bpa J. Stroby.
W kościele usunięto boczne ołtarze z okresu budowy kościoła i zamalowano polichromie, które znajdowały się na sklepieniu apsydy i na ścianie nad łukiem tęczowym. Z wnętrza usunięto historyczną ambonę i inne elementy wyposażenia. Historyczne polichromie zastąpiono nowymi, w tym samym czasie namalowano również stacje drogi krzyżowej.
Prawy ołtarz boczny ozdobiono kopią obrazu Matki Boskiej Ostrobramskiej, natomiast lewy, w którym znajduje się tabernakulum, ozdobiono obrazem Najświętszego Serca Pana Jezusa.
W kruchcie założono marmurowe posadzki, a na ścianach naw bocznych kościoła drewniane boazerie. Prace te wykonano za kadencji ks. Ryszarda Bucholtza.
W latach siedemdziesiątych za kadencji ks. Stanisława Misiurka przeprowadzono remont dachu, wymieniając pokrycie dachu: z dachówki ceramicznej na blachę miedzianą.
W 1985 roku w wieży umieszczono 4 dzwony o imionach: „Serce Jezusa”, „Królowa Polski”, „Św. Maksymilian” i „Jan Paweł II”, a na frontowej elewacji portyku umieszczono wykutą w piaskowcu rzeźbę Chrystusa Króla, autorstwa A. Szulca.
W 1998 roku w Kaplicy Wieczystej Adoracji, na ścianie wschodniej, umieszczono płaskorzeźbę gipsową ze scenami z życia i cudów czynionych przez Jezusa Chrystusa. Wykonaną przez rzeźbiarkę Janinę Konieczną-Karczewską.
Polski i katolicki etap historii kościoła jest ściśle związany z pionierskimi działaniami Chrystusowców.
Decyzja o przekazaniu go zapadła 25 czerwca 1945. Niemal natychmiast po dokonaniu niezbędnych napraw, dnia 29 czerwca 1945 ks. Kazimierz Świetliński dokonał jego poświęcenia i dedykował Najświętszemu Sercu Pana Jezusa.
W 1946 roku Kościół zyskał odpowiednie wyposażenie liturgiczne i konfesjonały. W roku tym odbyły się także pierwsze misje parafialne, przeprowadzone przez ojców misjonarzy z Krakowa. Zakończono je wzniesieniem krzyża misyjnego przed kościołem. Owocem tego czasu intensywnej ewangelizacji było powstanie w 1947 roku różnych bractw i stowarzyszeń parafialnych, jak Arcybractwo Różańcowe Matek, Sodalicja Mariańska, Krucjata Eucharystyczna dla Młodzieży, Koło Ministrantów. Tegoż roku do Szczecina przybył Prymas Polski kardynał August Hlond, który odprawił w kościele Mszę św. i wygłosił kazanie.
Kult Serca Pana Jezusa zaczął się coraz bardziej utrwalać w Szczecinie. Potwierdzającym tego wyrazem było poświęcenie się licznych wiernych, rodzin i całej parafii Sercu Pana Jezusa na zakończenie rekolekcji we wrześniu 1948 roku.
Wszelkie inicjatywy duszpasterskie z pierwszych lat działalności parafii okazały się dobrym fundamentem i przygotowaniem do autentycznej walki o wiarę i Kościół w okresie prześladowań stalinowskich. Chrześcijańską tożsamość budowały także takie akty jak poświęcenie w 1949 i umieszczenie na szczycie kościoła krzyża, zdającego się przypominać po wsze czasy, że "w tym znaku zwyciężysz!".
W roku 1950 władze państwowe rozwiązały wszelkie przyparafialne stowarzyszenia, a w 1951 zaczęły się aresztowania proboszczów.
30 listopada 1952 parafię odwiedził Prymas Polski kardynał Stefan Wyszyński, który później sam doświadczył kilkuletniego internowania.
Odpowiedzią duszpasterzy na te akty walki z Kościołem była dalsza troska o umocnienie życia religijnego i wzbogacanie go o nowe elementy. Od 1953 obowiązuje indult apostolski, pozwalający na celebrację w każdy pierwszy piątek miesiąca Mszy wotywnej o Najświętszym Sercu Pana Jezusa. Natomiast w 1954 rozpoczęto odprawianie nowenny do Matki Boskiej Nieustającej Pomocy. W 1959 biskup gorzowski Wilhelm Pluta erygował kaplicę Wieczystej Adoracji. Jej otwarcie odbyło się 8 grudnia 1959 roku. Dzień poźniej rozpoczął się pierwszy dyżur w konfesjonale wieczystym.
W ramach Wielkiej Nowenny przygotowującej Kościół w Polsce do obchodów Tysiąclecia Chrztu, 25 marca 1962 kościół nawiedza kopia Cudownego Obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej, peregrynująca po wszystkich parafiach w Polsce.
Dnia 21 listopada 1964 ks. proboszcz Witold Stańczak otrzymał dekret Papieża Pawła VI, ustanawiający drugi – obok uroczystości Najświętszego Serca Pana Jezusa – odpust parafialny w uroczystość Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Marii Panny.
W latach 60. w parafii zaczęto tworzyć duszpasterstwo akademickie. Pierwszym jego opiekunem był ks. Grzegorz Okroy.
17 marca 1974 roku zostaje erygowana parafia św. Jana Chrzciciela, przy kościele o tym samym tytule. w związku z tym skupiona wokół kościoła Serca Pana Jezusa parafia otrzymuje nowe wezwanie, właśnie Najświętszego Serca Pana Jezusa.
2 czerwca 1978 roku bp Jerzy Stroba dokonał konsekracji kościoła.
W związku ze zmianą organizacji Kościoła w Polsce, 25 marca 1995 roku, Papież Jan Paweł II utworzył archidiecezję szczecińsko-kamieńską. Jej pierwszy arcybiskup, Marian Przykucki, od początku z wielką życzliwością interesował się parafią Najświętszego Serca Pana Jezusa. W 1998 roku, z okazji uroczystości Najświętszego Serca Pana Jezusa (19 czerwca) zainaugurował procesję wyruszającą z kościoła ojców Jezuitów do kościoła Serca Pana Jezusa. Na jej zakończenie, wśród licznie zgromadzonych wiernych z całego Szczecina, ogłoszono jego dekret ustanawiający nasz kościół sanktuarium Najświętszego Serca Pana Jezusa. Decyzję tę przyjęto z ogromnym entuzjazmem, zwłaszcza, że sanktuarium okazało się pierwszym w Polsce dedykowanym Sercu Pana Jezusa.
Z okazji Roku Świętego 2000, sanktuarium ogłoszono kościołem stacyjnym, to znaczy miejscem, gdzie wierni mogli pod zwykłymi warunkami uzyskać odpust zupełny.
Ustanowienie Sanktuarium Serca Pana Jezusa jest uzasadnione specyficznie pielgrzymkowym charakterem tej świątyni. Tutaj bowiem każdego dnia przybywają dziesiątki ludzi, by wziąć udział w jednej z licznie odprawianych Mszy św., by spotkać się z Jezusem-Eucharystią w Kaplicy Wieczystej Adoracji, wreszcie - by zostać dotkniętym Bożym Miłosierdziem w sakramencie pokuty i pojednania, który jest tu sprawowany około 10 godzin dziennie.
Urodził się 4 grudnia 1909 r. w Plebankach koło Wągrowca. Do Towarzystwa Chrystusowego dla Polonii Zagranicznej w seminarium w Poznaniu wstąpił 30 lipca 1932 r., już jako subdiakon. Święcenia kapłańskie otrzymał 10 maja 1934 r. w Potulicach, z rąk kardynała Augusta Hlonda, prymasa Polski. Pełnił wiele odpowiedzialnych funkcji w zgromadzeniu zakonnym. W czasie wojny był kapelanem obozu przejściowego dla ludzi, którzy mieli być wywiezieni na roboty przymusowe do Rzeszy. Przez wiele lat był przełożonym domu zakonnego Towarzystwa Chrystusowego w Poznaniu. W 1968 r. został przełożonym generalnym Towarzystwa, funkcję tę pełnił do 1969 r. Zmarł 15 sierpnia 1982 r. Pochowano go w kwaterze księży chrystusowców na cmentarzu w Poznaniu.